Tras un robo de 14 millones de pesetas de la nómina de los trabajadores producido el día 31 de mayo en la Compañía Auxiliar de Ferrocarriles de Beasain, la policía montó dispositivos de control. En la madrugada del 2 al 3 de junio, y en la carretera que une Lezcano y Ataun, agentes apostados en un vehículo de la Guardia Civil conducido por Manuel López Fernández vieron a tres sospechosos y les pidieron la documentación.

Uno de ellos sacó una pistola y disparó directamente contra el corazón de Manuel, que murió poco después en la clínica de San Cosme y San Damián de Tolosa. El terrorista que efectuó el disparo fue Miguel Ángel Apalategui Aierbe, que huyó aprovechando la oscuridad.